废水处理的微生物种类繁多，根据微生物对营养要求、所需能源、受氢体的不同，可将微生物分为不同的特定种类。

1、 根据微生物对营养物质要求(所需碳源形式)的不同，可将其分为自养菌和异养菌

a.  自养菌，能利用无机碳源，即CO2或HCO，作为自身生长所需的唯一碳源的微生物;

b.异养菌，只能利用有机化合物中的碳(如葡萄糖中的碳)而获得自身生长所需碳源的微生物。

2、根据微生物对所需能源的不同，可将其分为光营养型和化能营养型:

a.光营养型，即利用光作为能源的微生物;

b.化能营养型，即利用氧化-还原反应提供能源的微生物。化能营养型还可以按照被氧化的化合物(即电子给予体)的类型进一步分为化能异养菌和化能自养菌。化能异养菌是利用复杂有机物分子作为电子给予体的微生物，而化能自养菌则是利用简单的无机物分子如二氧化碳、硫化氢、氨作为电子给予体的微生物。

3、根据微生物代谢过程对氧的要求不同，可将其分为好氧微生物、厌氧微生物和兼性微生物。

a.好氧微生物在代谢过程中需要分子氧参与，如果分子氧不足，降解过程就会因为没有受氢体而不能进行，微生物的正常生长规律就会受到影响，甚至被破坏。

b.厌氧微生物在代谢过程中不需要分子氧参与，当有氧气存在时，它们就无法生长。这是因为在有氧存在的环境中，厌氧微生物在代谢过程中由脱氢酶活化的氢将与氧结合形成H2O2，而其又缺乏分解H₂O2的酶，从而形成H2O2积累，对微生物细胞产生毒害作用。  

c.兼性微生物，在代谢过程中，有或无分子氧参与，反应都能进行。

通常情况下，细菌细胞内含有约80%的水，其余20%为干物质。这些干物质中，有机物约占90%，无机物占10%。有机物中碳元素约占53.1%、氧28.3%、氮12.4%、氢62%，所以细胞的实验式常可以写为C5HO2N(好氧菌)、C;HgNO3(厌氧菌)，若考虑有机部分中的微量磷元素，则为CH87O23N2P。无机物中磷元素约占50%、硫 15%、钠11%、钙9%、镁8%、钾6%、铁1%。